Wrzucasz certyfikat w wybrane miejsce na serwerze (jeśli masz bota Let's Encrypt to wszystko jest zautomatyzowane), ustawiasz konfigurację Apacha i tyle.
...w sumie konfigurowanie Apacha też jest zautomatyzowane z botem Let's Encrypt :)
Co to ten ssl i certyfikat w ogóle jest?
W skrócie: to kilka plików z udowodnionym kryptograficznie dowodem posiadania domeny. Klienci z ich użyciem autoryzują serwer oraz uzgadniają klucz do szyfrowanego połączenia.