Jak zapiszesz pliki na jakimś realnym dysku, to nie powinny zniknąć (chyba że Kali je jakoś automatycznie usuwa, nie używałem tej dystrybucji). Pewnie po prostu zapisujesz pliki w wirtualnych katalogach, na przykład /home/, wtedy oczywiście, że znikną, bo system jest postawiony w pamięci RAM, a /home/ to część systemu.