Bez pokazania kodu nic nie można powiedzieć.
Mogę jedynie z doświadczenia z innymi problemami wnioskować, że problem jest w zrozumieniu działania systemu.
System polega na tym, że jest wykonywana pętla (powiedzmy 60 razy na sekundę - stąd mamy 60FPS - Frames Per Second) i za każdym razem wykonuje się takie rzeczy jak: sprawdzenie stanu klawiatury i myszy, przeliczenie pozycji obiektów a na koniec narysowanie wszystkich elementów jeszcze raz (tło, obiekty stałe, obiekty ruchome). Jeśli jakiś obiekt nie jest rysowany w każdym wykonaniu pętli to wtedy on raz jest na ekranie a raz go nie ma - więc mruga.