Skopiowanie całego poddrzewa wymaga użycia klucza -r:
scp -r username@remoteHost:/remote/dir /local/dir/
Oczywiście jako źródło trzeba podać katalog. W tym momencie utworzony zostanie katalog /local/dir/dir.
Trzeba zadbać o linki - czy mają być rozwinięte czy przeniesione i jak. W sumie często najwygodniej jest zrobić archium tar(.gz), ten plik skopiować i rozpakować na komputerze docelowym.