Najprościej przed wszystkim linkami do plików CSS postawić /
Przykład:
<link href="/css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css">
Ten / po prostu wskazuje aby szukało tej ścieżki i pliku od katalogu głównego.
Można też dać przed ścieżką ../ ale to oznacza wyjście tylko o jeden katalog w górę. Czyli jeśli miałbyś localhost/login/ to byłoby okej. Ale jeśli już dałbyś localhost/login/link/ to byłoby źłe bo szukało by tego CSSa w katalogu "login". Oczywiście można dawać tak dwa razy: ../../ to zależy jaką masz strukturę witryny czy zawsze jest stała ilość tych jakby katalogów czy może być różnie.
Jest jeszcze oczywiście opcja że mógłbyś do każdego linku dostawiać pełną ścieżkę przez PHP ale chyba prościej użyć tego sposobu wyżej ;)