Musisz wybrać jakiego typu aplikację chcesz robić, czy podejście bardziej monolityczne, czyli wszystko server-side-rendering czy aplikację SPA + API.
Ja jestem zwolennikiem drugiej opcji, ale warto w sumie poznać oba rozwiązania aby świadomie wybrac. Co do pierwszego to musisz wziąć jakiś język back-endowy i najlepiej system szablonów aby nie mieszać logiki biznesowej i templatek, warto od razu uczyć się dobrych wzorców.
Jeśli miałby to być tak osławiony tutaj na forum PHP to są szablony np. Twig, czy dawniej Smarty. Ale jest wiele innych rozwiązań, np. bardzo ciekawe rozwiązania są w Spring Web w Javie, jest bardzo ładny podział MVC i fajne systemy templatek. W PHP możesz też wziąć jakiś framework np. Symfony albo robić bez niego, zależy jak duża ma to być apka. Jest też node jeśli wolałbyś bardziej JS niż PHP, Javę czy .NET itp. Do node też są systemy templatek.