Bootstrap to świetny framework który przyśpiesza pracę, fakt jeżeli się tworzy strony www to lepiej opierać się na swoim kodzie bo mamy większy wpływ na wygląd strony i sam tak robię, ale gdy tworze jakieś konkretne aplikację internetowe to nie wyobrażam sobie pracy bez bootstrap'a z tego względu że wygląd strony dość przejrzysty i ładny mogę stworzyć w 10 minut a resztę czasu mogę poświęcić na beckend.
Reasumując jeżeli tworzysz tylko strony www to może i lepiej - wygodniej podpiąć system siatkowania (RWD) i pisać własny CSS.