Czy w bootstrapie wszystko robi się na divach ?
Nie. Listy robi się na listach, nawigację na navigation, itd...
Czy <div class="row"> można zapisać np <section class="row">
Jeśli semantycznie będzie to miało sens - czemu nie? (Jednak może to powodować pewną nieczytelność. Wszyscy są raczej przyzwyczajeni do oglądania bootstrapowego grida w divach)
Są jakieś konkretne wytyczne jeżeli chodzi o nazewnictwo?
Tylko tyle co narzuca Bootstrap (nazwy klas, atrybutów)
Elementy blokowe muszą zawsze być divami?
Nie. Element blokowy to konwencja wyświetlania. Równie dobrze (a raczej niedobrze) możesz stworzyć span i dodać mu display: block;