Wszystko zależy od Twoich umiejętności, upodobań oraz projektu, nie raz dochodzi do tego, że Bootstrap czy inny tego typu framework robi tylko za jakiś prototyp, żeby szybko stworzyć jakiś design, nie raz kończy się na tym, że koderzy wykorzystują tylko właściowści gridów, żeby strona była ładnie skalowana, a i tak większosć kodu piszą sami, ten framework ma Ci pomóc, a nie przeszkadzać, dlatego jak uznajesz, że nie jest Ci do niczego potrzebny to po prostu z niego zrezygnuj nic złego się nie stanie. Ten cały Bootstrap to jest tylko jedno z wielu gotowych rozwiązań i tylko od Ciebie zależy czy z tego korzystasz czy nie.