MVC czyli Model, View, Controller na nasze Model, Widok, Kontroler. Chodzi ogólnie o to aby oddzielić część logiczną strony od części wizualnej. W widoku zamieszczamy kod html z przesyłanymi zmiennymi z kontrollera. Cała mechanika strony siedzi w kontrolerze, wspieranym przez model. W modelu tym głównie kierowane są zapytania do bazy danych oraz odpowiedzi które są przekazywane do kontrollera.
Załóżmy np że tworzysz bloga:
Tworzysz kontroller MainBlogPage
a w nim funkcje np mainPage, articlePage, categoryPage każda funkcja to akcja która wywołuje inna pod strone. Funkcje przyjmują parametry get/post. np jeżeli masz domena.com/article/5 to wywołana jest funkcja article($id) gdzie id=5
To tak w skrócie, oczywiście żeby to tak zadziałalo trzeba poprawnie skonfigurować routing strony. Ale napewno slyszałeś o frameworkach. to gotowe narzędzia które wykorzystują model MVC. Polecam Ci CodeIgniter, posiada Polską dokumentacje oraz jest bardzo intuicyjny.
Mam nadzieje że choć troche wytłumaczyłem.