1. Do hashowania hasła służy funkcja password_hash() i ją należy stosować. I nie ma znaczenia czy strona jest duża, mała, czy niedorozwinięta. Kwestii bezpieczeństwa nie należy lekceważyć!
2. Niestety nie znam żadnych książek. Wszystkie, które czytałem są już nieaktualne. Jeżeli już coś umiesz, to do dalszej nauki wystarczy ci internet.
3. Najlepszy sposób do obsługiwania bazy danych to skorzystanie z klasy PDO. mysqli jest takie trochę ubogie i zbyt bardzo przypomina te stare funkcje mysql_*.