Jak dobrze cię zrozumiałem to w pliku .txt masz tylko jeden wiersz z liczbą punktów i chcesz zmienić jej wartość. Poniżej masz przykład jak można to zrobić. Instrukcja if jest w razie jak by plik był pusty.
File file = new File("Punkty.txt");
int punkty = 0;
try {
Scanner odczyt = new Scanner(file);
if(odczyt.hasNext()) {
punkty = Integer.parseInt(odczyt.nextLine());
}
punkty += 20;
PrintWriter zapis = new PrintWriter(file);
zapis.print(punkty);
zapis.close();
} catch (FileNotFoundException ex) {
ex.printStackTrace();
}