#box:hover{
transform: scale(1.05);
opacity:0.89;
Pseudoklasa hover powiększa ci kwadrat przez co wychodzi on na drugą linie i zrzuca kwadraty z niej do lini następnej. Jeżeli chcesz osiągnąć efekt powiększenia przy najechaniu kursorem stosuj transform: scale(współczynik powiększenia);
Ps. poczytaj na czym polega pozycjonowanie względne/bezwzględne i czym są bloki zawierające :)