Zakładam że prędzej mówisz o ./configure niż ./bootstrap, bo ten pierwszy jest typowy dla staroszkolnych (przed cmake) projektów C / C++owych.
W każdym razie jeśli sam build się wywalił z jakiegoś powodu, to zazwyczaj po poprawieniu wystarczy odpalić znowu make, bez ponownego configure'a - ale zależy, czemu konkretnie się wywalił.
No i jak aktualizujesz źródła, to wypada też odpalić configure od nowa.