Zależy jak zostały usunięte. Jeśli z poziomu file managera (taki odpowiednik Windows Explorera), to najpewniej pliki będą znajdować się w koszu. Jeśli zostały one usunięte z poziomu linii komend za pomocą rm to możesz sobie sprawdzić historię ostatnich wywołań w Bashu za pomocą komendy history. Jeśli z kolei masz backup plików w innej lokalizacji i chcesz tylko się dowiedzieć jaka jest delta, to polecam rsync z opcją -n (dry run).