Udało mi się znaleźć rozwiązanie tutaj: https://github.com/nklayman/vue-cli-plugin-electron-builder/issues/1647
W pliku vue.config.js należy dodać pod configureWebpack następujący kod:
pluginOptions: {
electronBuilder: {
customFileProtocol: './'
}
}
Sprawi to, że adresy url w pliku css staną się relatywne "../fonts/Saira-Regular.579c1ad5.ttf" co rozwiązuje problem i czcionki są wczytywane poprawnie.
Niemniej, nadal nie rozumiem z czego wynikał problem, więc zostawiam pytanie otwarte.