Nie do końca rozumiem pytanie. WEBP wspiera przezroczystość, więc wystarczy skonwertować PNG który ma przezroczystość do WEBP jakimś rozsądnym narzędziem i to po prostu będzie działać. Jeśli nie działa, to użyj innego narzędzia do konwersji i upewnij się że w PNG masz faktycznie przezroczystość.
JPEG2000 natomiast nie jest wspierany przez przeglądarki (poza Safari), więc nie tędy droga.