Zakładając, że "dyski" to partycje na tym samym dysku fizycznym, to generalnie nie trzeba ich usuwać, ale istnieje ryzyko - jeśli jakąś partycję trzeba skrócić, by zrobić miejsce dla powiększanej - że część danych może zostać uszkodzona.
Oczywiście to też zależy od tego, jak program partycjonujący radzi sobie z takimi sytuacjami.