Według mnie to wygląda na jakieś ustawienie BIOS, coś w rodzaju USB Legacy Support które nie jest włączone po wymianie podzespołów powodujące, że sprzęt nie jest wykrywany po starcie właściwego systemu. Ewentualnie coś z portem ale to by bardzo szybko wyszło - skoro w bios działa to pozostaje tylko pierwsza opcja - najlepiej przewertować manual od płyty głównej i tam powinno być gdzieś opisane jak wygląda kwestia przestarzałego sprzętu i jego wsparcia (można też szukać czegokolwiek powiązanego z USB).