Moim zdaniem, są dwie opcje zależne od tego... jak też twoja aplikacja wygląda i jakie ma wymagania.
Jeśli wymagane są dane na samym początku, tzn załadowanie już bazy, to wtedy wykonałbym 2 skrypty jeden z tworzeniem schematu bazy [ tabele, powiązania, relacje głównie definiowanie struktury], drugi skrypt odpowiadałby za dodawanie elementów, czyli po prostu jej wypełnienie.
Jeśli masz aplikacje -> wtedy, schemat ładował bym z skryptu SQL, a z poziomu aplikacji np, przy starcie serwera, łądowałbym dane jeśli są potrzebne.
Zwykle robi się to automatycznie, tzn. skrypt tworzony jest ręczenie a przy uruchomieniu serwera/bazy jest ładowany skrypt który to robi.