Trudno jest powiedzieć co jest nie tak.
Przede wszystkim przedstaw jak wygląda pakietyzacja u Ciebie w projekcie, jak wyglądają i gdzie są testy ( nie chodzi mi o wewnętrzna implementacje, ale strukturę).
Oraz cały plik pom.xml, ten główny dla konfiguracji mavena.
Czy mass podpięte bliblioteki testowe JUnit, albo TestNG?
Samo dodanie pluginu to nie wszystko, nawet piszę to w tym tutorialu, masz dodaną konfiguracje odpowiednio dla egzekucji ?Czyli wyniku ?
<execution>
<id>jacoco-check</id>
<goals>
<goal>check</goal>
</goals>
<configuration>
<rules>
<rule>
<element>PACKAGE</element>
<limits>
<limit>
<counter>LINE</counter>
<value>COVEREDRATIO</value>
<minimum>0.50</minimum>
</limit>
</limits>
</rule>
</rules>
</configuration>
</execution>
I pytanie czy przy uruchamianiu testów ( nie programu samego, bo to róznica co uruchamiasz), czy masz analizę w locie.