Jeżeli dobrze myślę, nie wiesz czy klonować repozytoria do jakiegoś folderu w htdocs czy do jakiegoś innego folderu? Jeżeli tak to w sumie nie ma znaczenia(poza tym że nie uruchomisz php z innego folderu niż htdocs, chyba że na virtualhostach). Ja mam repo na Githubie które mam sklonowane do htdocs. (tam automatycznie tworzy się folder nazwany jak repozytorium).