Najlepszym sposobem byłoby skorzystanie z bufora konsoli, do którego dostęp udostepnia Ci API Windowsa. Będzisz miał dużo więcej możliwości i przestrzeni. Tak, możesz użyć system/ShellExecute z poleceniem "cls", jednak nie jest to zbyt szybka i bezpieczna metoda.
PS problem jest tylko taki, że ten sposób wymaga większego nakładu pracy.