Problem jest taki, że nie potrafisz korzystać z gita.
Musisz się nauczyć używać branchy.
# tworzenie nowego brancha z aktualnie wybranego
git branch nazwa_nowego_brancha
# przejście z jednego brancha na drugi
git checkout nazwa_nowego_brancha
Dzięki branchom możesz spokojnie modyfikować kod aktualnego brancha niezależnie od innych (np. od brancha produkcyjnego).
Jeżeli masz nowy poprawiony kod i chcesz go dodać do swojego repozytorium to wykonaj następujące instrukcje
# wybierz jakiś pusty katalog w systemie nazwijmy go ROBOCZY
cd ROBOCZY
# sklonuj swoje repozytorium
git clone REPOZYTORIUM_GITHUB
cd REPOZYTORIUM
# tworzymy nowy branch
git branch NAZWA_BRANCHA
git checkout NAZWA_BRANCHA
# skopiuj nowe pliki do repozytorium
cp -r NOWE_REPOZYTORIUM/* .
# sprawdź które pliki się zmieniły
git status
# dodaj zmodyfikowane pliki do commita
git add PLIK_LUB_KATALOG
# skommituj zmiany
git commit
#wypchnij branch na serwer
git push
# za pierwszym razem będziesz musiał wykonać komendę
# git push -u origin NAZWA_BRANCHA
Później na drugiej maszynie
cd REPOZYTORIUM
git fetch # ta komenda nie zmienia plików
git checkout NOWY_BRANCH
git pull