Ja mam pewien pomysł.
Do jednej zmiennej, dajmy na to p1 przypisz wartość pierwszej liczby z pierwszego pliku, a do zmiennej p2 w sposób analogiczny pierwszą wartość z drugiego pliku.
Teraz porównaj wartości p1 oraz p2 i wypisuj do nowego pliku mniejszą z wartości, to jest min(p1, p2). Teraz tej "mniejszej" zmiennej przypisz kolejną wartość i jeśli będzie ona mniejsza bądź równa tej drugiej zmiennej, to znowu ją wpisz do pliku. W końcu dojdzie do momentu, że to ta z początku większa wartość będzie mniejsza, więc ją wypiszesz do pliku, weźmiesz następną wartość i znowu sobie porównasz.
To taki zarys, ale wydaje mi się, że w ten sposób będzie najłatwiej to zrobić.