Możesz sobie po prostu odczytać plik i sparsować go do obiektu JS, następnie odpowiednio zmodyfikować obiekt i ponownie zserialiować do stringa, np. dodając spacje dla ładniejszego sformatowania (trzeci parametr w JSON.stringify). Następnie modułem do plików w nodzie po prostu nadpisz zawartość pliku lub frontowo stwórz plik do pobrania (tu nie sprecyzowałes czy mówimy o back czy frontendzie).
Musiałbyś podać więcej szczegółów aby dać jakieś konkrety.