W binarce .exe znajduje się cała aplikacja, z wszystkim zależnościami. Jak sobie to inaczej wyobrażasz?
Jest kilka rozwiązań (jak cxFreeze, Py2Exe, Pywin i inne), to jednak najlepsze okazało się w moim przypadku PyInstaller (zero problemów czy błędów), polecam!. Jest jeszcze jakaś Nuitka, ale nie miałem okazji poznać.