Generalnie lepiej iść w x64 choć pod VM'ka nie ma to chyba aż takiego znaczenia - znaczy ma o tyle, że na x86 (inna nazwa często używana do określenia 32 bit architektury) Virtualbox'ie nie uruchomisz Ubuntu x64 - co innego w drugą stronę (poprawcie mnie jeżeli się mylę).
Jeżeli chodzi o wydajność pewnie zależy od przydzielonych zasobów, pod Windows'em na ten przykład mając do dyspozycji np. 4gb RAM w maszynie wirtualnej wybór x86 nie będzie zły ale powyżej już tylko x64.
W przypadku Ubuntu ta zasada może nie mieć kompletnie odwzorowania, ogólnie 64bit wersje w założeniu lepiej wykorzystują zasoby niż 32 bit'owe.