Na Linuxa masz np. program fdupes. Nie musisz mieć zainstalowanego Linuxa, by móc z niego korzystać. Możesz sobie zrobić LiveCD na pendrive, załadować system do RAMu i przeszukać dyski.
Jest też opcja dla bardziej ambitnych, by napisać sobie skrypt, który policzy sumy kontrole dla plików. Następnie porówna je i w ten sposób wyłapie duplikaty i je usunie.