ad 2. Baza danych nie ma kompletnie nic wspólnego z tym, czy jest to node czy php, to dwie różne rzeczy. Ja osobiście jestem raczej zwolnnikiem baz typu mongo bo z mojego doświadczenia wynika, że są one mniej awaryjne i dużo lepiej skalowalne niż bazy mysql, które znacznie częściej się wykrzaczają ale przy jakiś mikro bazach, rzędu kilkunastu tysięcy rekordów czy przy małym ruchu to nie ma aż takiego znaczenia. Wybierz więc taką bazę, która bardziej Ci odpowiada.
ad 2. Nie widzę za bardzo sensu używania i php i node w jednym projekcie. Po co? Nie lepiej już wszystko ograć po prostu w node albo tylko w php?