Najprościej przekazać obiekt klasy B do klasy A przez konstruktor (obiekt klasy B będzie polem klasy A):
class A {
public void runAlg(){}
}
class B
{
private A a;
B(A a) {
this.a = a;
}
public void execute() {
a.runAlg();
}
}
Jeśli robisz aplikację z GUI to warto zapoznać się ze wzorcem MVC. Jednak, jeśli nie do końca jeszcze rozumiesz programowanie obiektowe to może być to dla Ciebie trudne do zastosowania.