Zapoznaj się z funkcją "window -> pathfinder". Wtedy będziesz mógł zaznaczyć 2 warstwy i łączyć je lub wycinać w zależności od wybranej opcji. W Twoim wypadku będzie to ta opcja:
Musisz mieć 2 kształty na 2 osobnych warstwach, zaznaczasz jednocześnie jedną i drugą, następnie ten u góry wycina otwór w tym pod spodem.
Drugą fajną opcją jest shape buider tool. W tym wypadku również musisz mieć 2 warstwy, zaznaczasz jednocześnie jedną i drugą a następnie z wciśniętym altem wycinasz w kształtach.