Komenda do usunięcia użytkownika z systemu, z grup, do których należy, oraz jego katalogu domowego:
userdel -r username
Jeśli chodzi o usuwanie wszystkich użytkowników poza rootem, to pomyślałbym nad tym dwa razy. Np. w RHEL5 jest kilkadziesiąt domyślnych użytkowników. Usunięcie niektórych może (ale nie musi) mieć niepożądane skutki, więc lepiej robić to z rozwagą.