w takim "tradycyjnym" podejsciu to php odpala się na serwerze, a js uklienta więc nie da się ich połączyć.
Chyba, że chodzi Ci o wymianę danych client-server (to wtedy źle określiłeś tytuł i opis posta), w takiej sytuacji możesz wykorzystać tradycyjne podejście z XHR albo np. websocket czy SSE w zaleznosci od potrzeb. Najczęściej wykorzystuje się XHR, szczególnie jeśli mają to być jakiś pojedyncze akcje.