po kliknięciu w checkbox "odpalają" się dwa eventy kliknięcia
To nie dwa eventy kliknięcia - sam napisałeś w obsłudze drugiego eventu, że łapiesz "change", nie "click".
Dlatego też stopPropagation() "nie działa" - bo to nie jest jeden event propagujący się, tylko dwa różne eventy.