JavyFX praktycznie nikt nie używa, Java desktopowa to cały czas Swing (z małymi wyjątkami oczywiście), ale tak naprawdę Java na dekstopy to średni pomysł - wierz mi pracowałem 4 lata z Javą na desktopy, są lepsze technologie.
Jeśli chodzi o dalsze kroki po podstawach -> Spring boot -> JPA/Hibernate