Co znaczy poważniejsze projekty?
Moim zdaniem poważniejsze projekty wykorzystują zbyt wiele dodatkowych frameworkow, wzorców lub technologi zewnętrznych. Mam tu na myśli fakt, że taka aplikacja w Javie korzysta często z Mavena, który bazuje na plikiu pom.xml. Jeśli ta aplikacja ma testy jednostkowe będziesz miał dodatkowo katalog z testami. Inaczej będzie zaprojektowana aplikacja wykorzystująca wzorzec MVC. Jeśli Java ze Springiem też nowe katalogi konfiguracyjne lub zawierające frontend.
Nie wiem na jakim etapie nauki jesteś i jak bardzo chcesz uporządkować kod.
Polecam Tobie zajrzeć czy na stronach z których czerpiesz wiedze programistyczną nie ma do konkretnych tematów linków do gita. Przeważnie osoby które dają lekcje wiedzą jak w danym momencie uporządkować paczki w kodzie.