Ogólnie rzeczy biorąc, to obecnie aplikacje desktopowe to częściej po prostu klienty do API siedzącego gdzieś na jakimś serwerze. Jeśli uczysz się C# i .NET to warto napewno poznać WPF, wiedzieć jak to wygląda i z czym to się je, ale nie skupiaj się na tym jakoś bardzo, bardziej idź w ASP.NET (Core) Web API, albo ASP.NET (Core) MVC 5. W tym rzeczywiście jest spora szansa załapać się do pracy. C# z JSem raczej bym nie porównywał, te języki mają zupełnie inną strukturę.