Wygląd strony na plus, ale kod można jeszcze poprawić ;)
Flexbox - genialnie że go stosujesz
Bardzo dobrze że stosujesz tagi gita,
RWD też na plus
Dobrze by było gdybyś korzystał z gulpa lub webpacka, wtedy masz wersję produkcyjną(np. skompresowany kod) i developerską
1) standardy PSR - https://www.php-fig.org/psr/
Pierwsze co rzuca się w oczy, to mieszanie warstwy logiki php, z warstwą prezentacji. Mógłbyś zastosować tu albo jakiś freamwork albo chociaż jakąś libkę do routingu.
2) nazwy katalogów powinny być po angielskiemu ;)
3) w js'ie - zmienna navHtml, poczytaj o fragmentach
4) no i tu raczej nie będzie problemu ze zmiennymi globalnymi ale przy większych projektach może się porobić sajgon ;) więc IIFE
5) w folderze fonts masz bardzo dużo czcionek, czy na pewno tyle jest potrzebne?
6) CSS - trochę długi ten plik, może można by go podzielić na kilka części? No i poczytaj o autoprefixerach, pomogło by ci to np. w linii 105. W linii 93 i 111 natomiast idealny przykład gdzie można zastosować preprocesor css'a np sass.