Kiedyś dawno temu wpadła mi w ręce książka PHP do wojownika Jinja czy jakoś tak. Książka fajnie prowadziła czytelnika za rękę przez cały gotowy projekt, wykorzystujący też bazę danych MySQL. Generalnie książka spoko. Część ludzi ją krytykowało np. za mieszanie kodu php i html, ale umówmy się, to jest książka o PHP więc trudno, aby autor od razu mówił o wszystkim. Zresztą jak złapiesz sam PHP to na system szablonów przesiądziesz się szybko.
Nie wiem jak ma się obecnie PHP7 do tego PHP5.6 co był w tej książce, moja przygoda z PHP zakończyła się na 5.6 i już do niego nie powrócę :) Więc może tutaj niech się ktoś wypowie, ale jeśli nie ma jakiś mega istotnych zmian to nie ma co patrzeć usilnie na najnowsze pozycje. Zmian potem nauczysz się szybko sam.
A co mysql polecam Vademecum MySQL, taka gruba książka, ale bardzo fajnie opisuje wszystkie najważniejsze aspekty na gotowych przykładach.