Najlepiej zrobić relacje wiele do wielu :)
Robisz jedną tabele dla komentarzy a następnie dwie tabele łącznikowe gdzie będą zawsze dwa ID.
1 tabela comment_to_task
z polami (id_task i id_comment)
i druga tabela comment_to_project
z polami (id_project i id_comment)
dzięki temu twoja tabela z komentarzami bedzie bardzo prosta i przejrzysta :) a tabele łącznikowe będą szybkie i łatwe do utrzymania bo nie muszą mieć pola ID. Zakładasz tylko klucz na obie kolumny, Ponieważ nie można przypisać komentarza dwa razy do tego samego projektu.
Niestety w tym podejściu nie unikniesz dodawania tabel za każdym razem gdy komentarze pojawią się w nowym miejscu. Ale bedzie ci łatwiej przebudować strukturę tabeli z komentarzami w przyszłości jeśli zajedzie taka potrzeba.