czy mogę otworzyć program w tle np gnuplot& i odwołać się jakoś zeby wpisała się tam komenda ?
Na pewno się da, ale brzmi jakbyś próbował zrobić coś prostego w trudny sposób :D
gnuplot -e "command1; command2; ..."
albo po prostu stworz skrypt.gpl i wywolaj go tak:
gnuplot skrypt.gpl