Przy niektórych wersjach mysql występuje problem z formatem json i pojawia się błąd przy próbie zapisu do bazy.
Po pierwsze - zamień typ pola w entity, z json na text. Zapewne chodzi o pole z rolami userów.
/**
* @ORM\Column(type="text")
*/
private $roles = [];
Następnie usuń pliki z folderu "Migrations", bo jeśli przed update'm bazy używałeś komendy
doctrine:migrations:diff
To plik z błędnym zapytaniem się zapisał i przy każdym uruchomieniu
doctrine:migrations:migrate
Wczytują się wszystkie po kolei.
Czyli nawet jeśli zmienisz typ pola i uruchomisz tę komendę, to mimo wszystko wyskoczy błąd, bo zostanie odczytany wcześniej zapisany plik. Jeśli usuniesz poprzednie wersje migracji (może wystarczy poprzednio wygenerowany plik, nie jestem pewna), to wszystko powinno być już ok.