To zależy czy jeden log zajmuje jedną linijkę tekstu, czy może więcej. Jak logi są otagowane to nic trudnego jak wczytać zawartość pliku, wyrażeniem regularnym przefiltrować potrzebne logi i zapisać wystąpienia do nowego pliku.
Musisz zrobić to w javie? Prawdopodobnie jednak linijka w bashu zrobiłaby to.