Wszystko się da, pytanie tylko czy to będzie dobre i wygodne. Pisanie dużej aplikacji bez frameworków czy dodatkowych bibliotek będzie co najmniej trudne i męczące - próbować można, tylko nie wiem czy warto i jaki w tym cel.
Jak sobie to wyobrażasz chociażby na backendzie? Podstawowy mechanizm (obsługa requestów, routing, kontrolery) napiszesz całkowicie sam? System szablonów, aby oddzielić widok od logiki, też napiszesz? A może rozdzielisz aplikację na osobne API i front - wtedy całą aplikację frontendową napiszesz sam, bez żadnego gotowca? Żeby było jasne to nie chciałbym tu powiedzieć, że samemu masz nie pisać nic, brać same gotowce i nie mieć pojęcia o co chodzi. Tyle że pisząc wszystko samemu prawdopodobnie zajmie Ci to bardzo dużo czasu, a i nie zrobisz tego lepiej, bo ogólnodostępne biblioteki X osób pisało, X przetestowało i zrecenzowało.
Będąc zupełnie szczerym i absolutnie nie chcąc Cię urazić: podejrzewam, że po prostu masz zbyt małe pojęcie o tych rzeczach, stąd takie problemy. To samo tyczy się edytorów/IDE, prawdopodobnie nie jesteś świadomy tego, ile może dać IDE i ile ułatwić. To oczywiście nie znaczy, że wszyscy muszą korzystać z zaawansowanych edytorów. Mi jest wygodnie w IDE, kogoś może jednak przytłaczać i świadomie wybierze chociażby Sublime Text czy Atoma. Chęć korzystania z Notepada++ to już chyba ostra desperacja, bo ten edytor jest bardzo niewygodne na dłuższą metę i wielu podstawowych rzeczy nie ma.