Wystarczy poczytać dokumentacje
https://github.com/flesler/jquery.scrollTo
masz tam podane różne opcje które dodajesz po celu scrollowania w postaci obieku którego właściwości są opcjami. Także do twoich potrzeb idealnie nada sie opcja offset którą ustawisz na wysokość swojego menu sticky. Całość powinna wyglądać mniej więcej tak:
const menu=$('.twoja_nawigacja').height(); //pobierasz wysokość swojej nawigacji
$('#klikacz').click(()=>{$.scrollTo($('.miejsce_do_którego_scrollujesz'), {duration:500,offset:-menu});}
//scrolujesz do mniejsca minus offset taki jak twoja nawigacja
Wtedy czas animacji podaj najlepiej tak jak pokazałem nie odrazu po elemenice po przecinku tylko już w obiekcie który przekazujesz we właściwości duration.
Ja zamiast słowa function użyłem funkcji strzałkowej. Mam nadzieje że wiesz co to a jeśli nie to zamiast ()=>{...} napisz po prostu function(){...}
Mam nadzieje że pomogłem :)
Pozdrawiam