A to zależy :) Jeśli zaczynasz to poszedłbym raczej w FX, ale jeśli istnieje szansa, że będziesz pracować w starszej apce na Swingu to warto chociaż poczytać co i jak plus poczytać o różnicach - choćby parę bardziej dokładnych artykułów. Chodzi o to, abyś był po prostu w razie czego w stanie choćby wycenić się czasowo w przypadku jakiś zmian itp.
Ale do nowych projektów to jak pisałem - lepiej JavaFX.