Na szybko przychodzą mi dwa sposoby.
Na przykład pętlą dodającą indeks znalezionej litery do tablicy:
var array = ['t', 'e', 's', 't'];
var indexes = [];
for (var i = 0; i < array.length; i++) {
if (array[i] === 't') {
indexes.push(i);
}
}
Albo skorzystać z Array.prototype.reduce:
var indexes = array.reduce(function(accumulator, letter, index) {
if (letter === 't') {
accumulator.push(index);
}
return accumulator;
}, []);