Bazę dobierasz do potrzeb danego problemu, nawet nie projektu a właśnie problemu, czasami projekt może korzystać z kilku różnych baz.
Nie znam pytonka ale nie sugeruj sie taką rzekomą popularnością tylko poczytaj o różnych bazach i zobacz, ktora najlepiej pasuje w danym przypadku.
W świecie node.js też panuje częsta opinia, że jak node to baza mongodb co jest bzdurą, sam paree razy pracowałem z node i bazą mysql. Takie opinie często wywodzą się z jakiś pierwszych kursów i książek do danej technologii i wiele osób to bierze za pewnik.
Najlepiej poświęć sobie jeden wieczór na rozeznanie w bazach i zdecyduj, a może dany problem w ogole lepiej rozwiązać na bazie nierelacyjnej czy jeszcze w inny sposób.