Linux to jedynie jądro systemu, najnowsza wesja to 4.17 i na podstawie tego jądra tworzone są tzw. dystrybucje, czyli gotowe systemy operacyjne. Chyba najpopularniejszą dystrybucją na początek jest Ubuntu, natomiast nie ma zasady co do ogólnej popularności konkretnej dystrybucji, najlepiej zapytaj z czego korzystają w tej firmie.
Jeśli chodzi o pracę na systemach linuxowych, to zazwyczaj większość rzeczy da się wyklikać z GUI, natomiast jeśli ktoś wymaga znajomości linuxa, to najprawdopodobniej rozchodzi się głównie o terminal, ale także radziłbym zapytać czego wymagają.
Napewno potrzebna będzie wiedza o menedżerze pakietów, w przypadku Ubuntu/Debian APT, w przypadku CentOS Yum, dla fedory/redhat Yum/DNF, dla Arch pacman, dla innych systemów musisz sobie sprawdzić. Menedżer pakietów to narzędzie do instalacji programów, bibliotek itp.
Przydatna będzie też wiedza na temat użytkowników, grup i uprawnieniach dostępu: http://www.xlin.hg.pl/podstawy/prawa.html
Zapewne będziesz korzystał z GIT'a, więc obsługa gita z terminala, ew. PHPStorm chyba obsługuje gita graficznie.
Dla PHP, będzie przydatna umiejętność uruchamiania skryptów z terminala, ale tutaj nie ma większej filozofii:
php {nazwa skryptu}
No i ogólne podstawy obsługi systemu z terminala, czyli tworzenie katalogów, plików, edycja plików, przenoszenie, dowiązania symboliczne, wyświetlanie treści plików, listowanie plików itp.: http://www.astrouw.edu.pl/~jskowron/pracownia/komendy/
Jeśli chodzi o skróty i różnice do windowsa, to niestety nie pomogę, bo mam bardzo mało styczności z windowsem (na szczęście :D). Natomiast skróty w konkretnych programach, raczej nie będą się zbyt wiele różnić.
Ogólnie najlepiej zapytaj jak dużej wiedzy o tym systemie wymagają, bo być może będziesz mógł nauczyć się tego wszystkiego podczas pracy.